El agua de peptona es particularmente adecuada como sustrato en el estudio de la producción de indol. La peptona utilizada en Peptone Water es rica en contenido de triptófano. La presencia de indol se puede demostrar utilizando el reactivo de Kovacs o de Ehlrich. El agua de peptona también se utiliza como base para estudios de fermentación de carbohidratos con la adición de azúcar e indicadores como la púrpura de bromocresol, el rojo de fenol o el azul de bromotimol. El agua de peptona se recomienda para estudiar la capacidad de un organismo para fermentar un carbohidrato específico que ayuda en la diferenciación de géneros y especies. El agua de peptona está formulada según Shread, Donovan y Lee. El agua de peptona con pH ajustado a 8,4 es adecuada para el cultivo y enriquecimiento de especies de Vibrio.